1985 yılında Ankara Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde akademik hayata başladı. 1991 yılında anayasa Doçenti oldu, 1997 yılında Profesörlüğe yükseldi. Halen Hacettepe Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi'nde Hukuk Bilimleri Anabilim Dalı'nda çalışmalarını sürdürmektedir. Liberal Düşünce Topluluğu'nun kurucularından olan Erdoğan, Topluluğun çıkardığı Liberal Düşünce dergisinin de editörlüğünü sürdürüyor. Erdoğan'ın yayımlanmış eserleri arasında Anayasal Demokrasi, Anayasa Hukuku, Liberal Toplum Liberal Siyaset, Anayasa ve Özgürlük kitapları sayılabilir.
