1953’te Leiden’de doğdu. Leiden Üniversitesi’nde öğrenimini tamamladıktan sonra, Nijmegen ve Amsterdam üniversitelerinde doçent olarak çalıştı. 2008’de Leiden’de Türkiye Etütleri kürsüsüne atandı. Ayrıca iki sefer Amsterdam’daki Uluslararası Sosyal Tarih Enstitüsü’nde çalıştı. 1990-1999 arasında bu enstitünün Türkiye bölümü başkanlığını, 2008-2012 arasında genel müdürlüğünü yaptı. Profesör Zürcher 2008 yılından beri Hollanda Kraliyet Bilimleri Akademisi’nin üyesidir. Araştırma sahası özellikle Osmanlı İmparatorluğu’ndan Türkiye Cumhuriyeti’ne geçiş dönemi olan Erik Jan Zürcher’in son kırk yılda on altı kitabı yayımlandı. Bu kitapların hepsi Türkçeye çevrilmiştir. Türkçeye çevrilen kitaplarından bazıları: Milli Mücadelede İttihatçılık (İletişim Yayınları, 2003); Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası (İletişim Yayınları, 2003); Modernleşen Türkiye’nin Tarihi (İletişim Yayınları, 1995 ve 2017); (Mete Tunçay ile birlikte der.) Osmanlı İmparatorluğu’nda Sosyalizm ve Milliyetçilik (1876-1923) (İletişim Yayınları, 1995); (der.), Devletin Silahlanması: Ortadoğu’da ve Orta Asya’da Zorunlu Askerlik 1775-1925 (İstanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2003); (Donald Quataert ile birlikte der.) Osmanlı’dan Cumhuriyet Türkiye’sine İşçiler 1839-1950 (İletişim Yayınları, 1998); (W. van Schendel ile birlikte der.) Orta Asya ve İslâm Dünyasında Kimlik Politikaları (İletişim Yayınları, 2004); (Touraj Atabaki ile birlikte) Türkiye ve İran’da Otoriter Modernleşme - Atatürk ve Rıza Şah Dönemleri (İstanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2012); (der.) Askerlik “İşi”, Askerî İşgücünün Karşılaştırmalı Tarihi 1500-2000 (İletişim Yayınları, 2017); Modernleşen Türkiye’nin Tarihi (4. basım, İletişim Yayınları, 2018), Meşrutiyet’ten Cumhuriyet’e: Tarih, Toplum ve Siyaset (İletişim Yayınları, 2024).