24 Nisan 1825’te yayıncı ve editör Alexander Thomas Ballantyne ile Anne Ballantyne’ın dokuzuncu çocuğu olarak İskoçya’nın Edinburgh şehrinde doğdu. Ailesinin ekonomik durumu elvermediği için çocukluğunda düzenli bir eğitim alamadı. 16 yaşında çalışmaya başladığı Hudson’s Bay Şirketi tarafından gönderildiği Kanada’da altı yıl kaldı; yerlilerle kürk ticareti yaparken sonraları eserlerine konu edeceği birçok manzaraya, Kızılderililer ve Eskimoların yaşam koşullarına tanıklık etti. İskoçya’ya dönüşünde bir demiryolu şirketinde çalıştıktan sonra Thomas Constable & Co yayınevine ortak oldu. 1856’dan itibaren sadece yazı yazarak hayatını kazanmaya başladı. 1866’da Jane Grant ile evlendi ve bu evlilikten altı çocuğu oldu. Yayımlanan yüzden fazla kitabıyla fantastik serüven edebiyatının gelişimine büyük katkılar yaptı. Özellikle çocuklar arasında kalabalık bir okur kitlesine kavuştu. Kitaplarına malzeme toplamak için sık sık seyahat etti. 1883’te yaklaşık elli yıl boyunca yaşadığı Edinburgh’dan ailesiyle birlikte ayrılıp Londra’ya yerleşen Ballantyne, tedavi için gittiği İtalya’da 1894’te vefat etti ve Roma’daki Protestan mezarlığına defnedildi. 1857’de yayımlanan Mercan Adası’yla dünyaca ünlü bir yazar haline gelen Ballantyne’ın en bilinen eserleri şunlardır: The Young Fur-Traders (1856), The World of Ice (1859), Ungava: a Tale of Eskimo Land (1857), The Dog Crusoe (1860), The Lighthouse (1865), Fighting the Whales (1866), Deep Down (1868), The Pirate City (1874), Erling the Bold (1869), The Settler and the Savage (1877).