Yıldız Teknik Üniversitesi’ndeki eğitimi sırasında arkeolojiyle tanışmasının ardından akademik yönelimini tarihöncesi arkeolojisine çevirdi. İstanbul Teknik Üniversitesi’nde “Orta Anadolu Neolitik Dönem Mimarlığı” üzerine yüksek lisansını tamamladı. İstanbul Üniversitesi Prehistorya Anabilim Dalı’nda yürüttüğü “Tarihöncesinde İnsan-Mekân, Topluluk-Yerleşme İlişkisi” başlıklı doktora teziyle 2013’te arkeoloji doktoru unvanını aldı; 2019’da aynı alanda doçent oldu. University College London ve Cambridge Üniversitesi’nde misafir araştırmacı olarak bulunan Duru, uzun yıllar Dünya Arkeoloji Kongresi’nin (WAC) yönetiminde görev alarak arkeolojinin insani sorumlulukları, etik yükümlülükleri ve küresel eşitsizliklerle ilişkisine odaklanan çalışmalara katkı sunmuştur. 1992’de öğrenci olarak katıldığı Aşıklı Höyük kazıları, Duru’nun akademik yöneliminde belirleyici bir başlangıç noktası olmuştur. 2006’dan bu yana aynı projede başkan yardımcısı olarak görev yapan Duru, Çatalhöyük başta olmak üzere çok sayıda kazı ve araştırma projesinde aktif olarak yer almıştır. İstanbul Bilgi Üniversitesi Mimarlık Fakültesi, Galatasaray Üniversitesi Siyaset Bilimi Bölümü’nde dersler veren Güneş Duru halen Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi Arkeoloji Bölümü’nde öğretim üyesidir.
