İstanbul Bilgi Üniversitesi, Uluslararası İlişkiler ve Siyaset Bilimi Bölümü öğretim üyesidir. Aynı Üniversite’de Avrupa Birliği Enstitüsü Müdürü olan Kaya, 2011 yılı itibariyle Avrupa Birliği Komisyonu tarafından Jean Monnet Profesörü olarak ödüllendirilmiştir. Kaya’nın, diyasporalar, kimlik, uluslararası göç, zorunlu göç, etnisite, milliyetçilik, çokkültürcülük, yurttaşlık, ulusaşırı alan ve sürdürülebilir kalkınma gibi konular hakkında da kitap, makale ve tercümeleri vardır. Kaya, aynı zamanda, Europeanization and Tolerance in Turkey: The Myth of Toleration (Palgrave, Londra, 2013); Islam, Migration and Integration: The Age of Securitization (Palgrave, Londra, 2009); Sicher in Kreuzberg: Constructing Diasporas (transcript verlag, Bielefeld, 2001); Berlin’deki Küçük İstanbul (Büke Yayınları, İstanbul, 2000), Ferhat Kentel ile birlikte ve Euro-Türkler: Türkiye-Avrupa Birliği İlişkilerinde Köprü mü Engel mi? (Istanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2005; İngilizce baskısı CEPS Brüksel, 2005) ve Ferhat Kentel ile Belçi-ka-Türkleri (King Baudouin Vakfı, 2008) adlı dört kitap kaleme almıştır. Kaya’nın, Bahar Şahin ile derlediği Kökler ve Yollar: Türkiye’de Göç Süreçleri (Istanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları, 2007), Turgut Tarhanlı ile birlikte derlediği Türkiye’de Çoğunluk ve Azınlık Politikaları: AB Sürecinde Yurttaşlık Tartışmaları (TESEV Yayınları, İstanbul, 2005) gibi çok sayıda derleme ve tercüme kitabı da mevcuttur. Kaya, 2003 yılı Sosyal Bilimler Derneği Araştırma ödülü ile 2005 yılı Türkiye Bilimler Akademisi ödülüne layık görülmüştür. Kaya, 2012 yılında Bilim Akademisi üyeliğine seçilmiştir.